Pierwszy mecz
11. lipca 2006
KS Elbasani - Ekranas Panevezys 1:0
TVMK Tallin - FH Hafnarfjordur 2:3
Sioni Bolnisi - FK Baku 2:0
F91 Dudelange - Rabotnicki Skopje 0:1
Birkirkara FC - HB Tórshavn 0:3
Linfield FC - ND HIT Gorica 1:3
Pyunik Erewań - Sherrif Tiraspol 0:0
12. lipca 2006
Metalurgs Lipawa - Aktobe Lento 1:0
MyPa Anjalankoski - TNS Llansantffraid 1:0
Cork City - Apollon Limassol 1:0
Shakhtjor Soligorsk - Široki Brijeg 0:1

Rewanż
18. lipca 2006
Ekranas Panevezys - KS Elbasani 3:0
FK Baku - Sioni Bolnisi 1:0
Rabotnicki Skopje - F91 Dudelange 0:0
Sherrif Tiraspol - Pyunik Erewań 2:0
19. lipca 2006
Aktobe Lento - Metalurgs Lipawa 1:1
Apollon Limassol - Cork City 1:1
B36 Torshavn - Birkirkara FC 2:2
ND HIT Gorica - Linfield FC 2:2
TNS Llansantffraid - MyPa Anjalankoski 0:1
Široki Brijeg - Shakhtjor Soligorsk 1:0
FH Hafnarfjordur - TVMK Tallin 1:1

Pierwszy mecz (25 - 26 lipca)
FH Hafnarfjoerdur - Legia Warszawa 0:1
NK Nova Gorica - Steaua Bukareszt 0:2
Lewski Sofia - Sioni Bolnisi 2:0
FC Zurich - Austria Salzburg 2:1
Djurgaardens Sztokholm - MFK Rużomberok 1:0
VSC Debreczyn - Rabotnicki Skopje 1:1
Cork City - rvena Zvezda Belgrad 0:1
Fenerbahce Stambuł - B36 Torshavn 4:0
FK Mlada Boleslav - Vaalerenga Oslo 3:1
Szeriff Tiraspol - Spartak Moskwa 1:1
Metalurg Lipawa - Dynamo Kijów 1:4
FC Kopenhaga - My-Pa Myllykoski 2:0
Ekranas Poniewież - Dinamo Zagrzeb 1:4
Heart of Midlothian - FK Sirokij Brijeg 3:0

Rewanż (1 - 2 sierpnia)
Legia Warszawa - FH Hafnarfjoerdur 2:0
Steaua Bukareszt - NK Nova Gorica 3:0
Sioni Bolnisi - Lewski Sofia 0:2
Austria Salzburg - FC Zurich 2:0
MFK Rużomberok - Djurgaardens Sztokholm 3:1
Rabotnicki Skopje - VSC Debreczyn 4:1
Crvena Zvezda Belgrad - Cork City 3:0
B36 Torshavn - Fenerbahce Stambuł 0:5
Vaalerenga Oslo - FK Mlada Boleslav 2:2
Spartak Moskwa - Szeriff Tiraspol 0:0
Dynamo Kijów - Metalurg Lipawa 4:0
My-Pa Myllykoski - FC Kopenhaga 2:2
Dinamo Zagrzeb - Ekranas Poniewież 5:2
FK Sirokij Brijeg - Heart of Midlothian 0:0